Siatka na preparaty jest przenoszona w małym uchwycie w ruchomym stoliku na preparaty. Obiektyw ma zwykle krótką ogniskową (1–5 mm [0,04–0,2 cala]) i wytwarza rzeczywisty obraz pośredni, który jest dodatkowo powiększany przez obiektyw lub soczewki projektora. Pojedyncza soczewka projektora może zapewniać zakres powiększenia 5:1, a dzięki zastosowaniu wymiennych nabiegunników w projektorze można uzyskać szerszy zakres powiększeń. Nowoczesne instrumenty wykorzystują dwie soczewki projektora (jedna zwana soczewką pośrednią), aby umożliwić większy zakres powiększenia i zapewnić większe ogólne powiększenie bez proporcjonalnego wzrostu fizycznej długości kolumny mikroskopu.
Jakość obrazu
Ze względów praktycznych związanych ze stabilnością i jasnością obrazu mikroskop jest często używany w celu uzyskania końcowego powiększenia 1 000–250 000 × na ekranie. Jeżeli wymagane jest większe powiększenie końcowe, można je uzyskać przez powiększenie fotograficzne lub cyfrowe. Jakość ostatecznego obrazu w mikroskopie elektronowym zależy w dużej mierze od dokładności różnych mechanicznych i elektrycznych regulacji, za pomocą których różne soczewki są wyrównane względem siebie i układu oświetlającego.
Obiektywy wymagają zasilaczy o wysokim stopniu stabilności; dla uzyskania najwyższego standardu rozdzielczości konieczna jest stabilizacja elektroniczna lepsza niż jedna milionowa. Sterowanie nowoczesnym mikroskopem elektronowym odbywa się za pomocą komputera, a dedykowane oprogramowanie jest łatwo dostępne. Technika umożliwiająca badanie próbek zbyt małych, aby można je było zobaczyć pod mikroskopem świetlnym. Wiązki elektronów mają znacznie mniejsze długości fal niż światło widzialne, a tym samym wyższą zdolność rozdzielczą.
Nagrywanie obrazu
Obraz elektronów jest monochromatyczny i musi być widoczny dla oka poprzez pozwolenie elektronom na upadek na ekran fluorescencyjny zamontowany u podstawy kolumny mikroskopu lub poprzez cyfrowe przechwycenie obrazu w celu wyświetlenia go na monitorze komputera. Skomputeryzowane obrazy są przechowywane w formacie takim jak TIFF lub JPEG i mogą być analizowane lub przetwarzane przed publikacją. Identyfikacja określonych obszarów obrazu lub pikseli o określonej charakterystyce umożliwia dodanie fałszywych kolorów do obrazu monochromatycznego. Może to być pomocne w interpretacji wizualnej i nauczaniu oraz może stworzyć atrakcyjny wizualnie obraz z surowego obrazu.
